Une approche génomique pour connaître la phylodynamique de la syphilis infectieuse au Canada et mettre au point de nouveaux réactifs immunologiques pour un test de diagnostic rapide

Période de financement : 2023-2025
Responsable : Raymond Tsang
Financement total de l'IRDG : 1 025 500 $

La syphilis est une infection transmise sexuellement causée par une bactérie incultivable, Treponema pallidum subsp. pallidum (ci-après appelé T. pallidum). Malgré des décennies de faible incidence au Canada, la syphilis infectieuse est en hausse, ce qui entraîne un nombre sans précédent de cas, y compris la syphilis congénitale chez les bébés causée par une infection chez les femmes enceintes. Le diagnostic de la syphilis est difficile; c'est pourquoi on a surnommé cette bactérie la « grande imitatrice ». Les méthodes de laboratoire actuelles utilisées pour confirmer un diagnostic prennent des jours à fournir des résultats au ou à la médecin, ce qui retarde le traitement pour freiner la transmission de la maladie. On a besoin de diagnostics rapides et novateurs aux endroits où les populations vulnérables rencontrent leur fournisseur de soins de santé, y compris dans les régions éloignées du Nord. De plus, la surveillance de la maladie se limite au dénombrement des cas dans différents groupes démographiques, et l'on en sait très peu sur le type de souche qui a causé la maladie dans les éclosions passées et actuelles. La syphilis continue d'être traitable par l'injection de pénicilline par voie parentérale. Cependant, pour les personnes allergiques à la pénicilline ou dans des régions qui n'ont pas facilement accès au traitement parentéral, il est essentiel qu'une autre option de traitement viable soit offerte. L'information génétique est requise pour suivre efficacement la diversité et la distribution de la syphilis, ainsi que pour recueillir des renseignements sur la résistance aux antimicrobiens afin d'éclairer les options de traitements de rechange, ce qui mène à de meilleurs résultats pour la patientèle et la santé publique. Les données génomiques sur T. pallidum sont essentielles pour la phylodynamique (la combinaison des connaissances épidémiologiques et l'évolution), une méthode qui nous aidera à connaître l'histoire évolutive des populations de T. pallidum, le potentiel d'éclosion et la dynamique de transmission de la syphilis au Canada. Les génomes sont également requis pour l'analyse immuno-informatique qui permettra de rechercher les déterminants uniques des lymphocytes B (épitopes) pour l'élaboration de tests de diagnostic rapides basés sur la détection d'antigènes et d'anticorps. Cette recherche vise à mettre au point un nouveau pipeline métagénomique, immuno-informatique et phylodynamique pour a) combler le manque de connaissances sur les types de souches de T. pallidum en circulation au Canada, b) faire le suivi de la résistance aux antimicrobiens et c) rechercher et évaluer les épitopes des lymphocytes B pour mettre au point des tests de diagnostic rapides, mettre en œuvre des demandes et produire des rapports électroniques pour moderniser la détection et la surveillance des maladies infectieuses.