Identification rapide et directe des agents pathogènes bactériens et fongiques, et des facteurs déterminant leur résistance, à partir de bouteilles à hémoculture positive par séquençage complet du génome : vers un diagnostic au point d'intervention

Période de financement : 2023-2025
Responsable : Laura Mataseje
Investissement global de l'IRDG : 422 300 $

L'étalon par excellence pour diagnostiquer une infection de la circulation sanguine consiste à cultiver les cellules du sang puis à recourir au phénotypage pour identifier le microorganisme et en vérifier la résistance aux antimicrobiens, ce qui peut prendre jusqu'à 5 jours. Le séquençage complet du génome à partir des hémocultures en bouteille est une technique prometteuse pour un diagnostic plus rapide.

Le projet vise, d'une part, à améliorer les méthodes employées pour isoler un ADN de qualité des hémocultures et, d'autre part, à valider et à optimiser les nouvelles trousses, le nouvel équipement et les outils de bio-informatique qui accéléreront le séquençage et offriront des résultats aussi précis que possible, sans ralentir l'analyse.

Avec les données issues du séquençage, on créera de nouveaux pipelines informatiques qui serviront spécifiquement à l'identification des microorganismes et à la détection de l'antibiorésistance, sous une forme familière aux cliniciens et aux spécialistes des maladies infectieuses. Ces objectifs contribueront à la réalisation du but général qui consiste à ramener à quelques heures — plutôt que quelques jours — le temps séparant le prélèvement de l'échantillon de l'obtention et de la diffusion des données. En élaborant des méthodes rapides de séquençage et d'analyse, l'équipe souhaite montrer qu'on peut diagnostiquer rapidement une infection de la circulation sanguine en laboratoire. Ce faisant, on maîtrisera mieux l'infection et pourra prendre des initiatives afin de gérer les antimicrobiens. Ces méthodes pourront également être élargies aux soins dispensés au chevet du malade.