Le Canada figure constamment parmi les pays les mieux cotés dans le monde sur le plan de la qualité de vie. De nombreux facteurs contribuent à cette situation enviable, notamment l'existence au Canada d'un système de salubrité alimentaire parmi les plus efficaces et les plus solides au monde.
Un nouveau projet de recherche appuyé par l'Initiative de recherche et de développement en génomique (IRDG) du gouvernement du Canada pourrait encore renforcer la salubrité de nos approvisionnements en eau et en aliments.
Lancé en 2012, le projet sur la salubrité des aliments et de l'eau de l'IRDG s'appuie sur la mise en commun des compétences de près de 50 chercheurs provenant de 6 ministères et organismes fédéraux qui s'efforceront d'utiliser le potentiel de la génomique pour accroître la salubrité des approvisionnements en eau et en aliments. Ce potentiel est impressionnant : détection et identification plus rapides des contaminants, amélioration des outils de détection des sources de contamination microbiennes et mise en œuvre de nouvelles stratégies pour réduire les risques de pénétration ou de propagation des contaminants par l'eau et les aliments.
À ministères multiples, orientations multiples
Le projet est dirigé par Santé Canada et est coordonné par Sabah Bidawid. Il comprend des chercheurs de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA), d'Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC), d'Environnement Canada (EC), de l'Agence de santé publique du Canada (ASPC) et du Conseil national de recherches du Canada (CNRC).
Comme l'explique Nathalie Corneau, gestionnaire du projet à Santé Canada, les chercheurs participants axent simultanément leurs travaux sur trois secteurs clés, en commençant par l'isolation et la détection des contaminants.
« Avec les meilleures méthodes dont nous disposons actuellement, il arrive qu'il faille jusqu'à une semaine pour isoler et identifier un contaminant comme la bactérie E. coli dans du bœuf haché, affirme Mme Corneau. La longueur de ce délai représente un risque, car en une semaine, une quantité appréciable d'aliments contaminés peuvent être distribués avant même que nous ayons pu établir qu'ils sont contaminés. »
Les chercheurs de Santé Canada travaillent actuellement au développement de nouvelles méthodes de préparation des échantillons d'eau et d'aliments qui pourraient abréger à aussi peu qu'une journée le délai nécessaire pour isoler un contaminant et l'identifier.
« Nous travaillons en étroite collaboration avec nos collègues du CNRC qui développent actuellement de nouvelles technologies s'appuyant sur des biocapteurs hypersensibles et des dispositifs portatifs microfluidiques qui pourraient servir à identifier sur place les bactéries en seulement quelques minutes, affirme Mme Corneau. Pour arriver à ce résultat, nous devons cependant être en mesure de fournir des échantillons compatibles avec ces nouvelles plateformes de détection. Donc la tâche de ceux d'entre nous qui appartiennent à l'équipe d'isolement et de détection consiste d'une certaine manière à trouver un moyen de faire entrer un échantillon de 325 grammes de bœuf haché dans un tube dont le diamètre est plus ou moins celui d'un cheveu humain. »
Accès aux données
La deuxième grande orientation est la collecte d'information. Les chercheurs d'AAC, de l'ACIA, de l'ASPC et d'EC collectent actuellement des échantillons prélevés sur l'ensemble de la chaîne alimentaire, des exploitations agricoles aux épiceries, ainsi que dans les lacs, les rivières et les eaux côtières. Ils cherchent des sources possibles de contamination. Le génome de tous les contaminants importants découverts, ainsi que celui de centaines d'autres, est actuellement en phase de séquençage grâce à l'équipement automatisé de nouvelle génération dont dispose l'ASPC.
Application des données
La troisième grande orientation du projet est la bio-informatique. « Sans la bio-informatique, indique Mme Corneau, l'information génomique que nous accumulons ne peut pas être mise à profit pour protéger les Canadiens. »
Les chercheurs en sont encore aux premières étapes de la compilation d'une collection intégrée de données génomiques et de renseignements connexes sur les pathogènes d'origine hydrique ou alimentaire. La base de données constituée deviendrait une ressource nationale mise à la disposition des chercheurs, des organismes de santé publique et d'autres organisations partout au Canada et elle pourrait être utilisée de diverses manières, de l'appui à la recherche fondamentale à la participation aux enquêtes sur les éclosions de maladies de source alimentaire ou hydrique.
Mme Corneau indique que l'identification plus rapide des pathogènes n'est qu'un exemple des moyens qui pourraient être mis en œuvre à cet égard.
« Dans la foulée de l'amélioration constante des technologies en génomique, nous devrions bientôt être capables d'isoler l'infime partie d'ADN qui constitue la signature génétique unique d'un pathogène dans un délai aussi court qu'une journée ou deux, indique Mme Corneau. Dès que cette signature génétique est connue, elle peut être enregistrée dans un ordinateur et il devient possible de la comparer à toutes les autres signatures présentes dans la base de données. Dans un délai de quelques minutes, nous saurons donc à quel contaminant nous avons affaire. Comme la base de données contiendrait également des renseignements sur les lieux où les pathogènes ont été recensés dans le passé, nous pourrions également avoir une indication de l'origine de ces pathogènes. »
Salubrité et retombées économiques
Le projet de salubrité et des aliments et de l'eau de l'IRDG pourrait être à la source d'améliorations considérables aux programmes canadiens de salubrité des aliments et de l'eau déjà très solides.
L'identification plus rapide des contaminants permettrait d'émettre plus vite des avertissements et le rappel de produits éventuellement contaminés pourrait s'amorcer plus rapidement, ce qui limiterait la propagation des infections. On réduirait aussi les coûts des producteurs et d'autres acteurs de l'industrie, car les quantités d'aliments éventuellement contaminés à rappeler s'en trouveraient réduites.
« Ce sont là des retombées non négligeables pour les Canadiens, indique Mme Corneau. Et nous ne parlons pas ici uniquement de l'amélioration des méthodes d'identification et de la réduction des délais. En effet, en permettant de mieux comprendre l'origine des bactéries nuisibles et leur mode de propagation, ce projet de recherche appuiera aussi la mise en place de nouvelles mesures qui réduiront à la source le risque de contamination des chaînes d'approvisionnement alimentaires. »