Études génomiques de Candida pour améliorer le diagnostic et la détection des éclosions

Période de financement : 2023-2025
Responsable : Amrita Bharat
Financement total de l'IRDG : 738 200 $

Besoins en matière de recherche

Le candida est un agent pathogène fongique courant. Les infections peuvent être bénignes ou mettre la vie en danger en raison d'une septicémie. La résistance aux antifongiques est un type de résistance aux antimicrobiens qui n'est pas encore bien reconnu. À mesure que l'on utilise de plus en plus de médicaments antifongiques, un nombre grandissant d'infections à Candida résistent au traitement par ces médicaments. Trois espèces causent plus de 80 % des infections de la circulation sanguine à Candida : Candida albicans, Candida glabrata et Candida parapsilosis. Récemment, un Candida Auris multirésistant est rapidement apparu et a provoqué de grandes éclosions dans des hôpitaux du monde entier. Les quatre espèces figurent toutes sur la liste des agents pathogènes fongiques prioritaires de l'Organisation mondiale de la santé. Environ un tiers des isolats de C. Auris sont multirésistants (résistance à deux classes). La résistance est également de plus en plus observée avec C. glabrata et C. parapsilosis.

Résumé du projet

En 2017, M. Bharat, Ph. D., a mis sur pied une unité de mycologie au LNM, qui offre des services de laboratoire en génomique destinés aux enquêtes sur les éclosions et la détection de la résistance chez Candida spp. M. Bharat a reçu une subvention pilote dans le cadre du 7e cycle de l'Initiative de recherche et de développement en génomique pour séquencer une collection des trois principales espèces de Candida (C. albicans, C. parapsilosis et C. glabrata) et tous les isolats canadiens connus de C. Auris. Nous avons publié plusieurs articles et résumés sur les deux espèces haploïdes (une copie du chromosome). 10-13 Les objectifs de cette proposition sont d'élaborer des méthodes bio-informatiques pour l'analyse des espèces de Candida diploïdes (deux copies du chromosome), de trouver les fondements génétiques de la résistance à l'amphotéricine B, d'effectuer une étude génomique de suivi de C. Auris et d'effectuer des analyses génomiques de C. albicans, et C. parapsilosis au Canada. Ces analyses porteront sur l'amélioration de la détection des éclosions, le typage de souches génomiques et la détection moléculaire de la résistance aux antifongiques grâce aux séquences génomiques.

Extrants et résultats

Les connaissances de base acquises dans le cadre de ce projet aideront la nouvelle unité de mycologie du LNM à fournir un soutien fiable à la prévention des infections et à la lutte contre les infections causées par C. Auris et d'autres espèces de Candida. Un autre résultat est la détermination d'un ensemble de déterminants de la résistance pour guider la prédiction de la résistance aux antifongiques à l'aide de séquences génomiques ou de la mise au point d'une PCR à des fins diagnostiques afin d'orienter les décisions de traitement pour améliorer les soins à la patientèle. La détection moléculaire de la résistance aux antifongiques est fréquemment demandée par les utilisateurs finaux. Les nouvelles technologies, comme les pipelines pour la prédiction de la RAM et l'analyse phylogénétique des génomes fongiques, seront transférées aux laboratoires provinciaux de santé publique.