Évaluation et mise en œuvre d'un programme de séquençage complet du génome de Legionella pneumophila en vue de maîtriser rapidement les éclosions de la maladie au Canada et de mieux protéger les populations vulnérables

Période de financement : 2023-2025
Responsable : Jennifer Tanner
Investissement global de l'IRDG : 250 400 $

Bactérie pathogène endémique dans les cours d'eau partout dans le monde, Legionella pneumophila (Lp) engendre une forme grave de pneumonie appelée maladie du légionnaire. Cette maladie, qui est possiblement fatale, touche de façon disproportionnée les personnes âgées et immunodéprimées et nécessite souvent une hospitalisation. Les sources d’infection sont souvent des réseaux d’alimentation en eau contaminés, fabriqués par l’humain, qui libèrent de gouttelettes d’eau (aérosols), comme les spas, les douchettes et les systèmes de refroidissement de l’air. L’incidence de la maladie semble augmenter au fil du temps. Compte tenu de la nature environnementale de l’infection, un grand nombre de personnes réparties dans de vastes zones géographiques peuvent être infectées et pendant de longues périodes, en raison de facteurs confusionnels, comme le vent et la multiplicité des sources à étudier. Il est essentiel de disposer de méthodes efficaces pour établir l’empreinte génétique (sous-type) de L. pneumophila et, par la suite, établir une association avec les échantillons cliniques et environnementaux afin de rechercher la ou les sources d’infection et ainsi lutter contre les éclosions de maladie du légionnaire. À l’heure actuelle, la méthode courante de sous-typage en place pour L. pneumophila permet une résolution limitée, et exige que les laboratoires canadiens de santé publique soumettent par courriel les données génétiques de 7 loci génétiques des isolats en question à une base de données internationale de Public Health England, qui les analyse et renvoie les résultats des sous-types. La disponibilité de ce service étant limitée et l’attente parfois longue, il ne se prête pas à une intervention à haut débit et entrave les enquêtes rapides sur les éclosions.

Quoi? La proposition vise à élaborer et à mettre en œuvre un flux de travail du sous-typage à haute résolution et de la détermination des grappes de maladie (éclosions) de L. pneumophila au moyen d’une analyse computationnelle des données de séquençage du génome entier, lequel peut être effectué à l’interne par les laboratoires de santé publique partout au Canada. Le flux de travail élaboré pourra être adapté aux plateformes de séquençage couramment utilisées (Illumina et Nanopore), et les parties prenantes seront formées pour la mise en œuvre de ce flux et ce dernier sera validé dans plusieurs sites. En outre, pour soutenir des volumes élevés d’échantillons, des méthodes d’extraction automatisée de matériel génomique de L. pneumophila p seront élaborées et validées.

Pourquoi? Les extrants directs de ce projet seront un flux de travail validé pour le sous-typage et le regroupement rapides de L. pneumophila, ainsi qu’une méthodologie pour le traitement à haut débit des isolats de L. pneumophila pour la préparation aux situations d’urgence. Les résultats du projet permettront au Canada de détecter les éclosions potentielles de maladie du légionnaire et de diffuser rapidement l’information à ce sujet, et d’offrir un soutien accru aux enquêtes sur les éclosions de cette maladie.