Période de financement : 2024-2029
Responsable : Mary O'Brien
Financement total de l'IRDG : 220 446 $
La technologie de l'expression génique (c.-à-d. la transcriptomique) est utilisée depuis des décennies dans le cadre de recherches en toxicologie et en biologie de conservation. Cependant, la transcriptomique a été peu adoptée dans le cadre d'applications réglementaires comme l'évaluation de la sécurité chimique et la surveillance environnementale. Ce projet s'attaquera à de nombreux obstacles cernés par les organismes de réglementation qui ont empêché l'utilisation efficace de la transcriptomique dans le cadre d'applications réglementaires. Cela comprend la prise en compte des incertitudes et l'élaboration de recommandations pour la conception expérimentale et l'analyse bio-informatique des expériences transcriptomiques et l'optimisation de la technologie pour les espèces pertinentes pour l'environnement et les modèles sans animaux de remplacement. De plus, ce projet fera progresser les approches existantes au moyen de technologies de pointe comme le séquençage à cellule unique et l'apprentissage machine. Le projet ne traite pas spécifiquement de questions liées au genre, aux groupes sous-représentés ou aux populations vulnérables.
Publications
- O'Brien J, Mitchell C, Auerbach S, Doonan L, Ewald J, Everett L, Faranda A, Johnson K, Reardon A, Rooney J, Shao K, Stainforth R, Wheeler M, Dalmas Wilk D, Williams A, Yauk C, Costa E. 2025. Bioinformatic workflows for deriving transcriptomic points of departure: current status, data gaps, and research priorities. Toxicol Sci. 2025 Feb 1;203(2):147-159. https://doi.org/10.1093/toxsci/kfae145 (en anglais seulement)
- Stead JD, Lee H, Williams A, Ramírez SAC, Atlas E, Mennigen JA, O'Brien JM, Yauk C. 2025. Gene Set Enrichment Analysis in Zebrafish Embryos Is Susceptible to False-Positive Results in the Absence of Differentially Expressed Genes. Bioinform. Biol. Insights. 2025 Mar 4;19:11779322251321071. https://doi.org/10.1177/11779322251321071 (en anglais seulement)
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