Identification rapide et directe des agents pathogènes bactériens et fongiques, et des facteurs déterminant leur résistance, à partir de bouteilles à hémoculture positive par séquençage complet du génome : vers un diagnostic au point d'intervention

Période de financement : 2023-2025
Responsable : Laura Mataseje
Investissement global de l'IRDG : 422 300 $

L'étalon par excellence pour diagnostiquer une infection de la circulation sanguine consiste à cultiver les cellules du sang puis à recourir au phénotypage pour identifier le microorganisme et en vérifier la résistance aux antimicrobiens, ce qui peut prendre jusqu'à 5 jours. Le séquençage complet du génome à partir des hémocultures en bouteille est une technique prometteuse pour un diagnostic plus rapide.

À mesure que les coûts et les exigences techniques de l’analyse diminuent, le SGE devient de plus en plus accessible comme outil de diagnostic clinique potentiel. Nous prévoyons de poursuivre l’examen de la plateforme d’Oxford Nanopore Technology (ONT), qui permet une analyse en temps réel durant le séquençage. La plateforme d’ONT présente donc un avantage important pour le diagnostic des maladies infectieuses par rapport à d’autres types de technologies de séquençage à haut débit. L’importance de la détection précoce des agents pathogènes et de l’administration d’un traitement antimicrobien pertinent pour traiter les infections transmises sexuellement a des répercussions importantes sur la survie des personnes touchées. Les infections transmises sexuellement sont actuellement traitées au départ avec des agents antimicrobiens empiriques à large spectre, ce qui peut mener au développement d’une résistance aux antimicrobiens (RAM). L’administration empirique d’antimicrobiens inappropriés dans les cas de septicémie peut également entraîner des résultats pires pour la patientèle. L’administration précoce d’antimicrobiens efficaces réduit la mortalité, la morbidité, le coût du traitement, la durée du séjour à l’hôpital et le développement de la RAM.

Notre projet vise à améliorer les méthodologies d’isolement d’un ADN de haute qualité provenant de cellules sanguines mises en culture, à valider et à optimiser les nouvelles trousses ou le matériel de séquençage rapide et les outils bio-informatiques pour atteindre une plus grande précision tout en préservant les délais d’exécution courts. Les données issues du séquençage seront utilisées pour développer de nouveaux pipelines informatiques propres à l’identification des organismes et à la détection de la RAM, et les résultats seront dans un format permettant la production de rapport à l’intention des cliniciennes et cliniciens et des spécialistes des maladies infectieuses. Ces objectifs nous mèneront vers un objectif global qui consiste à réduire la durée du traitement, entre la réception de l’échantillon et la production des données, ainsi que le délai de production des rapports, qui passe de quelques jours à quelques heures. En élaborant des méthodologies de séquençage rapide et d’analyse informatique, nous visons à présenter le potentiel d’un diagnostic rapide de la septicémie en laboratoire clinique, ce qui améliorera les initiatives de lutte contre les infections et de gestion des antimicrobiens. Ces méthodologies pourraient être utilisées au chevet de la personne touchée à l’avenir. Les produits livrables que nous proposons ont une incidence non seulement sur les soins directs à la patientèle, mais renforcent aussi l’entièreté de notre projet — collaboration avec les provinces et les territoires qui adoptent les technologies du SGE à des fins de diagnostic et de détection de la RAM dans le cadre du 8e cycle de l’IRDG.