Mise au point de techniques de séquençage ciblé de panels de gènes pour la détection et l'identification hâtive du champignon S. endobioticum dans les échantillons de sol et d'eau, et étude de ses applications pour confirmer le pathotype et la viabilité

Période de financement : 2023-2027

Responsable : Sean Li

Fonds total de l'IRDG : 214 000 $

Les techniques de séquençage ciblé de panels de gènes sont efficaces dans le domaine médical pour faciliter la mise au point de traitement oncologique de précision axé sur le profil moléculaire d'une tumeur. Le panel de gènes permet d'isoler et d'amplifier les gènes d'intérêt avant le séquençage, l'augmentation de la sensibilité et de la spécificité pour la détection d'un agent pathogène cible et la diminution des coûts par échantillon. Le présent projet de recherche repose sur des données de séquençage provenant de bases de données de génomique et de transcriptomique, recueillies dans le cadre du projet de financement du volet environnemental de la société Genome Atlantic portant sur la gale verruqueuse de la pomme de terre et les variétés de pommes de terre. La gestion du sol et celle de l'eau sont les éléments déterminants pour prévenir la propagation de la gale verruqueuse. Dans ce projet de recherche, la détection hâtive et fiable du champignon Synchytrium endobioticum et son identification pour en déterminer le pathotype et évaluer sa viabilité sont visées au moyen d'outils de métagénomique et de bio-informatique associée récemment mis au point à l'ACIA pour l'analyse d'échantillons de pommes de terre, de sol et d'eau.