Phylodynamique et séquençage complet du génome des agents pathogènes responsables des maladies transmises par les tiques au Canada

Période de financement : 2023-2025
Responsable : Heather Coatsworth
Investissement global de l'IRDG : 720 400 $

Le risque de maladies transmises par les tiques augmente partout dans le monde en raison des changements climatiques et des changements environnementaux qui en découlent. Le Canada est un excellent exemple de cette tendance, car nous disposons de plus de 30 ans de données consignées de la prolifération des tiques dans les latitudes supérieures du Canada, ainsi que de la remontée vers le Canada de nouvelles espèces de tiques qui traversent la frontière commune avec les États-Unis. Avec la prolifération et l’introduction de ces tiques, il est possible que les problèmes de santé publique actuels s’amplifient et des problèmes imprévus apparaissent. Pour maintenir le rôle du LNM en tant que centre de référence en épidémiologie génomique au Canada, nous devons avoir accès aux souches pathogènes canadiennes passées et actuelles et posséder des connaissances à leur sujet. La section des études sur le terrain est particulièrement bien placée pour créer une banque génomique d’agents pathogènes transmis par les tiques, car nous disposons d’une foule d’échantillons récents et en banque de vecteurs de tiques, d’hôtes animaux et humains, ainsi que d’isolats purs.

Malgré la richesse de la recherche canadienne sur Borrelia burgdorferi (l’agent causal de la maladie de Lyme), il y a peu ou pas de données sur les autres agents pathogènes des maladies transmises par les tiques. Par conséquent, nous proposons de terminer le séquençage du génome entier de ces agents pathogènes autres que B. burgdorferi transmis par les tiques au Canada (Anaplasma phagocytophilum, Borrelia miyamotoi, Babesia microti, Ehrlichia chaffeensis et le virus Powassan). Des analyses phylodynamiques seront réalisées sur l’ensemble de ces données de séquençage du génome afin de connaître et de visualiser la diversité génétique et le caractère unique de ces agents pathogènes. D’autres modélisations spatio-temporelles des données phylodynamiques résultantes et des métadonnées d’échantillons connexes serviront à étudier les niches des souches pathogènes, ainsi que les profils géographiques et temporels des agents pathogènes afin de mieux estimer et connaître le risque de maladies transmises par les tiques au Canada. Il est impératif que nous obtenions nos propres données sur le séquençage du génome entier, car les différences entre les souches sont importantes pour faire le suivi des différences de pathogénicité, de la migration des agents pathogènes, de l’adaptation et de l’évolution, ainsi que pour mettre en contexte les événements d’introduction et de prolifération passés.

Notre proposition créera un panel d’enrichissement ciblé des maladies transmises par les tiques pour les projets de séquençage des agents pathogènes transmis par les tiques. Nous élaborerons également une banque de ces séquences du génome entier à l’aide de diverses sources d’échantillons, créant ainsi des données de séquence en libre accès qui pourront être utilisées publiquement par les scientifiques, les cliniciens et cliniciennes et les personnes qui mettent au point des essais. Parmi les avantages de ces travaux, citons notamment la mise à jour des épreuves diagnostiques afin de mieux détecter l’ampleur et la nature évolutive de ces souches, ainsi que la création d’essais permettant de différencier les souches pathogènes humaines des souches non pathogènes. Nous obtiendrons des connaissances montrant quand et comment ces agents pathogènes transmis par les tiques ont été introduits et ont par la suite proliféré au Canada, ce qui peut nous aider à prédire d’autres invasions et proliférations, ainsi qu’à gérer le risque de ces maladies transmises par les tiques dans des domaines d’intérêt précis. De plus, ces données peuvent être utilisées dans la pratique pour classer les mesures pertinentes d’intervention par ordre de priorité, c.-à-d. les interventions axées sur les animaux dans les zones où la charge en agents pathogènes est élevée chez les hôtes réservoirs par rapport aux mesures de protection des humains dans les régions où la charge en agents pathogènes humains est élevée.