Vers le profilage du microbiote alimentaire et l'enrichissement bactérien au moyen d'une approche de séquençage à longues lectures du gène codant l'ARNr 16S : projet pilote pour la collybie à pied velouté

Période de financement : 2023-2025

Responsable : Calvin Lau

Financement total de l'IRDG : 60 000 $

Le séquençage par nanopores est une technologie révolutionnaire qui permet l'analyse directe en temps réel de longs fragments d'ADN (>10 kb) et qui fait l'objet d'une adoption croissante pour le diagnostic moléculaire. À l'heure actuelle, les laboratoires de recherche de l'ACIA effectuent une analyse « omique » du profil microbien sans culture, en combinant une approche de métacodage à barres de l'ARNr 16S avec la plateforme de séquençage à courtes lectures Illumina, afin de caractériser la composition bactérienne complète des échantillons alimentaires et de cultures. Dans le cadre de ce projet de recherche, l'objectif principal est d'évaluer une approche de séquençage nanoporique de l'amplicon de l'ARNr 16S sur sa pleine longueur, pour l'étude du microbiome alimentaire, et de résoudre la résolution taxonomique limitée obtenue par l'approche de séquençage à courtes lectures. Compte tenu de la préoccupation croissante en matière de salubrité alimentaire liée aux collybies à pied velouté (aussi appelée champignon enoki) et de sa fréquente association avec des cas de contamination par Listeria monocytogenes, le flux de travail de séquençage de 16S à longues lectures ici présenté sera mis à l'essai pour déterminer le microbiote bactérien indigène de la collybie à pied velouté, et pour évaluer la dynamique d'enrichissement de la L. monocytogenes et d'autres bactéries secondaires à partir d'échantillons de collybies à pied velouté contaminées soumis à la méthode de culture utilisée pour détecter la Listeria d'origine alimentaire. Le rendement de cette méthode est comparé en parallèle à la méthode établie de séquençage de 16S à courtes lectures, ce qui offre des renseignements pratiques sur l'application en situation réelle du séquençage de 16S à longues lectures dans le contexte de la recherche en microbiologie alimentaire. Les résultats globaux de la présente étude sur les microbiomes peuvent en outre être utilisés pour la mise au point de méthodes d'isolement de Listeria plus performantes et mettre en évidence les complications imprévisibles qui pourraient survenir au moment de l'inspection et de l'évaluation des collybies à pied velouté.