Période de financement : 2019-2024
Responsable : Helen Tai
Investissement global de l'IRDG : 1 353 572 $
La pomme de terre est la culture maraîchère qui génère le plus de revenus au Canada, avec 1,2 milliard $ en recettes touchées par les agriculteurs et des exportations qui se chiffraient à 1,6 milliard $ en 2016. Les producteurs canadiens de pommes de terre doivent en effet faire face à un certain nombre d'importants défis, notamment des coûts de production croissants liés à l'environnement et à l'économie. Cette augmentation dérive de la nature exigeante en intrants de la culture de cette plante et la sensibilité de celle-ci à toute une gamme de stress biotiques et abiotiques. L'objectif de ce projet est de combiner la génomique de pointe à des techniques de phénotypage ultrarapides et de modélisation génomique pour développer une méthode innovante de sélection des variétés de pommes de terre basée sur les données. L'utilisation de ces nouveaux outils génomiques et phénomiques efficaces et rapides dans le cadre du programme de sélection de la pomme de terre de l'AAC permettra de réduire les coûts de sélection tout en améliorant sa précision et son rendement. Ce projet permettra de développer plus rapidement des variétés supérieures de pommes de terre et de sélectionner plus efficacement ces plantes pour mieux répondre à l'évolution des conditions environnementales et des préférences des consommateurs.
Publications
- Achakkagari SR, Kyriakidou M, Gardner KM, De Koeyer D, De Jong H, Strömvik MV, Tai HH. 2022. Genome sequencing of adapted diploid potato clones. Frontiers in plant science 13. https://doi.org/10.3389/fpls.2022.954933 (en anglais seulement)
- Achakkagari SR, Bozan I, Anglin NL, Ellis D, Tai HH, Strömvik MV. 2021. Complete mitogenome assemblies from a panel of 13 diverse potato taxa. Mitochondrial DNA Part B 6:894-897. http://doi.org/10.1080/23802359.2021.1886016 (en anglais seulement)
- Achakkagari SR, Kyriakidou M, Tai HH, Anglin NL, Ellis D, Strömvik MV. 2020. Complete plastome assemblies from a panel of 13 diverse potato taxa. PLoS ONE 15(10):e0240124. http://doi.org/10.1371/journal.pone.0240124 (en anglais seulement)
- Achakkagari SR, Tai HH, Davidson C, Jong HD, Strömvik MV. 2021. The complete plastome sequences of nine diploid potato clones. Mitochondrial DNA Part B 6:811-813. https://doi.org/10.1080/23802359.2021.1883486 (en anglais seulement)
- Achakkagari SR, Tai HH, Davidson C, Jong HD, Strömvik MV. 2021. Complete mitogenome analysis reveals recombination in potato mitogenomes, DNA Research, 28 (4):dsab009. https://doi.org/10.1093/dnares/dsab009 (en anglais seulement)
- Agre PA, Darkwa K, Olasanmi B, Kolade O, Mournet P, Bhattacharjee R, Lopez-Montes A, De Koeyer D, Adebola P, Kumar L, Asiedu R, Asfaw A. 2022. Identification of QTLs Controlling Resistance to Anthracnose Disease in Water Yam (Dioscorea alata). Genes.13(2):347. https://doi.org/10.3390/genes13020347 (en anglais seulement)
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- Asfaw A, Aderonmu DS, Darkwa K, De Koeyer D, Agre P, Abe A, Olasanmi B, Adebola P, Asiedu R. 2020. Genetic parameters, prediction, and selection in a white Guinea yam early-generation breeding population using pedigree information. Crop Science 61(2):1038-1051. https://doi.org/10.1002/csc2.20382 (en anglais seulement)
- Asfaw A, Aderonmu DS, Norman P, Darkwa K, De Koeyer D, Agre P, Kouaku A, Chamba E, Otoo E, Obidiegwu J, Nwachukwu E, Dossou-Aminon IN, Dansi A, Oselebe H, Adebola P, Asiedu R. 2019. Application of predictive breeding in yam improvement for West Africa. Research for Tropical Agriculture 12(2):117-120. https://doi.org/10.11248/nettai.12.117 (en anglais seulement)
- Bhattacharjee R, Agre P, Bauchet G, de Koeyer D, Lopez-Montes A, Lava Kumar P, Abberton M, Adebola P, Asfaw A, Asiedu R. 2020. Genotyping-by-sequencing to unlock genetic diversity and population structure in white yam (Dioscorea rotundata poir.). Agronomy 10(9):1437. http://doi.org/10.3390/AGRONOMY10091437 (en anglais seulement)
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- Darkwa K, Agre P, Olasanmi B, Iseki K, Matsumoto R, Powell A, Bauchet G, De Koeyer D, Muranaka S, Adebola P, Asiedu R, Terauchi R, Asfaw A. 2020. Comparative assessment of genetic diversity matrices and clustering methods in white Guinea yam (Dioscorea rotundata) based on morphological and molecular markers. Scientific Reports 10(1):13191. http://doi.org/10.1038/s41598-020-69925-9 (en anglais seulement)
- Hoopes G, Meng X, Hamilton JP, Achakkagari SR, et al. 2022. Phased, chromosome-scale genome assemblies of tetraploid potato reveal a complex genome, transcriptome, and proteome landscape that underpin phenotypic diversity. Molecular Plant. 15(3):520-536. https://doi.org/10.1016/j.molp.2022.01.003 (en anglais seulement)
- Kyriakidou M, Achakkagari SR, Gálvez López JH, Zhu X, Tang CY, Tai HH, Anglin NL, Ellis D, Strömvik MV. 2020. Structural genome analysis in cultivated potato taxa. Theoretical and Applied Genetics 133(3):951-966. https://doi.org/10.1007/s00122-019-03519-6 (en anglais seulement)
- McCoy HJ, Zeng C, McCoy E, MacKinley P, Vickruck J, Calhoun LA, Tai HH. 2022. Evidence for Cardiac Glycosides in Foliage of Colorado Potato Beetle-Resistant Solanum okadae. Journal of agricultural and food chemistry, 70(46), 14613-14621. https://doi.org/10.1021/acs.jafc.2c04311 (en anglais seulement)
- Neilson JAD, Smith AM, Mesina L, Vivian R, Smienk S, De Koyer D. 2021. Potato tuber shape phenotyping using RGB imaging, 11(9):1781. https://doi.org/10.3390/agronomy11091781 (en anglais seulement)
- Norman PE, Paterne AA, Danquah A, Tongoona PB, Danquah EY, Koeyer DD, Ikeogu UN, Asiedu R, Asfaw A. 2020. Paternity assignment in white guinea yam (Dioscorea rotundata) half-sib progenies from polycross mating design using SNP markers. Plants 9(4):527. https://doi.org/10.3390/plants9040527 (en anglais seulement)
- Parenteau MT, Gu H, Zebarth BJ, Cambouris AN, Lafond J, Nelson A, Nyiraneza J, Davidson C, Lagüe M, Galvez JH, Strömvik MV, Tai HH. 2020. Data mining nitrogen-responsive gene expression for source-sink relations and indicators of n status in potato. Agronomy 10(10):1617. http://doi.org/10.3390/agronomy10101617 (en anglais seulement)
- Sugihara Y, Darkwa K, Yaegashi H, Natsume S, Shimizu M, Abe A, Hirabuchi A, Ito K, Oikawa K, Tamiru-Oli M, Ohta A, Matsumoto R, Agre P, de Koeyer D, Pachakkil B, Yamanaka S, Muranaka S, Takagi H, White B, Asiedu R, Innan H, Asfaw A, Adebola P, Terauchi R. 2020. Genome analyses reveal the hybrid origin of the staple crop white Guinea yam (Dioscorea rotundata). PNAS 117(50):31987-31992. http://doi.org/10.1073/pnas.2015830117 (en anglais seulement)
- Tai HH. 2024. Insights into the molecular regulation of source-sink relations in potato. New Phytologist. https://doi.org/10.1111/nph.19705 (en anglais seulement)
- Tai HH, Vickruck J. 2022. Potato resistance against insect herbivores. In Insect Pests of Potato, 2nd Edition, A Alyokhin, SI Rondon, Y Gao, eds. Academic Press, pp. 277-296. ISBN: 9780128212370 Insect Pests of Potato - 2nd Edition (elsevier.com) (en anglais seulement)
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