Séquençage ciblé de nouvelle génération, ou séquençage ciblé à haut débit, pour la surveillance des espèces aquatiques au moyen de l'ADNe : priorité à la détection rapide et à la surveillance des espèces aquatiques envahissantes (EAE)

Période de financement : 2025-2028
Responsable : Michaela Stoyel
Financement total de l'IRDG : 40 388 $

Deux méthodes principales sont actuellement utilisées pour la surveillance de l'ADN environnemental (ADNe) : la PCR quantitative (qPCR) et le métabarcodage. La qPCR est très sensible, détectant les molécules d'ADN même quand elles sont présentes en petite quantité. Par contre, chaque essai utilise une partie de l'échantillon et est limité à un petit nombre d'espèces cibles. La conception de nouveaux essais qPCR demande également beaucoup de temps et de ressources.

Le métabarcodage permet de détecter de nombreuses espèces à partir d'un seul échantillon en utilisant des amorces universelles, mais cette approche générale peut réduire la sensibilité et introduire des biais.

Une solution de rechange prometteuse est le séquençage ciblé de nouvelle génération (NGS), aussi appelé « séquençage ciblé à haut débit », qui permet de détecter plusieurs espèces apparentées à la fois. La détection repose sur l'utilisation d'amorces de métabarcodage spécifiques d'un taxon ou sur la combinaison de plusieurs amorces spécifiques d'une espèce dans une réaction PCR (multiplex). Cette approche pourrait améliorer la sensibilité, réduire les biais et permettre une utilisation plus efficace du temps, des ressources et des échantillons.

Nous proposons de comparer la sensibilité de la qPCR avec des méthodes NGS ciblées, en visant d'abord les espèces marines envahissantes, puis la biodiversité en général.