Période de financement : 2023-2028
Responsable : Adam Koziol et Catherine Carrillo
Fonds total de l'IRDG : 274 000 $
Les organismes de réglementation de la salubrité des aliments visent à protéger l'approvisionnement en aliments au moyen d'approches éclairées et fondées sur les risques. Il est essentiel d'optimiser les données provenant des analyses en laboratoire des échantillons d'inspection pour que les interventions soient efficaces. Les technologies de génomique, comme le séquençage de nouvelle génération, offrent des analyses complètes plus rapides et plus économiques. Cependant, l'accès et l'interprétation de grands ensembles de données de génomique posent des défis. Pour relever ces défis, l'équipe du laboratoire d'Ottawa (Carling) a mis au point FoodPort, une application infonuagique conviviale. Le présent projet vise à améliorer davantage FoodPort sur le ou la locataire de nuage Microsoft Azure de l'ACIA, en assurant aux scientifiques de l'ACIA un accès et une interprétation faciles des données de séquençage en microbiologie des aliments. Cet effort est déterminant pour l'efficacité des interventions réglementaires et la salubrité des aliments.
Outil ou procédure de recherche
PrimerFinder est un outil logiciel qui a été ajouté pour améliorer FoodPort afin d'offrir les fonctionnalités suivantes : 1) PrimerValidator, un outil qui évalue l'hybridation des paires d'amorces par rapport à des panels d'inclusivité et d'exclusivité fixes; 2) PrimerVerifier, un outil qui évalue l'hybridation d'une ou de plusieurs paires d'amorces par rapport à des panels d'inclusivité et d'exclusivité flexibles; 3) PrimerFinder, un outil qui évalue l'hybridation d'une ou de plusieurs paires d'amorces par rapport à des assemblages.
AmpliSeq est un pipeline d'analyse bio-informatique utilisé pour le séquençage d'amplicons, qui élimine le bruit de tout amplicon et sert de base à un large éventail de bases de données taxonomiques facilitant l'attribution taxonomique. La mise en œuvre d'AmpliSeq par FoodPort permet aux utilisateurs et utilisatrices de téléverser des lectures de séquences, de sélectionner des séquences d'amorces, d'utiliser des options d'élagage et de filtrage, et des options de classification taxonomique, de choisir un ou des genres à exclure et de consulter la base de données, y compris la version de la base de données à utiliser.
FileZone est un ensemble d'outils sur FoodPort qui permettent aux utilisateurs et utilisatrices de gérer les conteneurs situés dans le nuage Azure. FileZone compte trois fonctionnalités principales; il permet de 1) sélectionner un conteneur en place, ce qui permet aux utilisateurs et utilisatrices de préciser un nom de conteneur et d'afficher, de téléverser ou de télécharger des fichiers dans le conteneur; 2) créer un nouveau conteneur, ce qui permet aux utilisateurs et utilisatrices de créer un nouveau conteneur et de téléverser des fichiers dans le conteneur; 3) localiser des fichiers, ce qui permet aux utilisateurs et utilisatrices de rechercher des fichiers ou des conteneurs à l'aide d'expressions régulières.
Ensemble ou base de données
Base de données sur les allèles des toxines de Shiga (StxDB) : Base de données exhaustive et conservée sur les toxines de Shiga, y compris tous les variants de séquences connues de nucléotides et de protéines, visant à permettre de déterminer avec précision les variants des toxines de Shiga. Cette base de données a maintenant été organisée de sorte à fournir des numéros d'enregistrement de génomes représentatifs afin de permettre aux utilisateurs et utilisatrices de la base de données d'évaluer la fiabilité des résultats.
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