Un investissement du fédéral en génomique mène l’action nationale sur la résistance aux antimicrobiens

Une collaboration pangouvernementale

Lancé en 2016, le projet quinquennal sur la résistance aux antimicrobiens de l'IRDG comprend plusieurs efforts de recherche interdépendants en cours dans 5 ministères et organismes fédéraux : l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA), l'Agence de santé publique du Canada (ASPC), Santé Canada (SC), le Conseil national de recherches du Canada (CNRC) et Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC). En tout, une vingtaine de scientifiques du gouvernement fédéral participent à la recherche, appuyés par une foule de chercheurs postdoctoraux et d'étudiants diplômés. Ce projet est le seul investissement qui cible tout particulièrement la recherche dans le cadre de Plan d'action fédéral sur la résistance et le recours aux antimicrobiens au Canada.

L'approche « Une santé »

M. Ed Topp (Ph.D.), coordonnateur du projet et chercheur scientifique principal à AAC, indique que cette collaboration élargie est essentielle. « Puisque les bactéries se trouvent chez l'humain, chez l'animal et dans l'environnement, et qu'elles circulent facilement de l'une à l'autre, nous devons nous doter d'une approche de type "Une santé". Pour déterminer si l'utilisation d'antibiotiques dans la production alimentaire contribue à la résistance aux antimicrobiens chez l'humain et la façon dont cette résistance survient, nous devons examiner et comparer les bactéries recueillies chez les malades dans les hôpitaux, chez les animaux utilisés dans la production alimentaire et dans l'environnement entourant les exploitations bovines, porcines et avicoles. »

Une recette gagnante : les technologies génomiques et la collaboration

Forts de l'accès aux technologies de génomique de pointe, comme le séquençage du génome entier, rendu possible par l'IRDG, les chercheurs peuvent rapidement examiner le génome entier d'une bactérie et voir s'il contient des gènes connus pour être associés à la résistance aux antimicrobiens. En comparant les gènes de la résistance aux antimicrobiens dans des bactéries recueillies dans différents secteurs, les chercheurs peuvent voir, par exemple, si les gènes qui confèrent la résistance à une bactérie trouvée chez la volaille sont les mêmes gènes associés à la résistance dans des bactéries similaires trouvées chez l'humain.

« Grâce à la collaboration rendue possible par l'IRDG, nous sommes en mesure de partager les données générées par les divers projets et de les mettre à profit de différentes façons, explique le M. Topp. À l'ASPC, par exemple, l'accès à toutes ces données donne à M. Richard Reid‑Smith (Ph.D.) et à son équipe l'information dont ils ont besoin pour assembler ce qui sera la toute première carte nationale d'évaluation des risques de la résistance aux antimicrobiens au Canada — il s'agit d'un pas important pour permettre aux décideurs et aux autres intervenants de déterminer où les mesures sur la résistance aux antimicrobiens peuvent être les plus efficaces. À l'ACIA, Mme Catherine Carrillo (Ph.D.) et son équipe ont réussi à ajouter la détection de cette résistance à la surveillance des agents pathogènes prioritaires présents dans les aliments, comme les E. coli et les salmonelles causant des maladies. »

Des résultats qui en disent long

Selon M. Topp, la recherche sur la résistance aux antimicrobiens de l'IRDG donne par ailleurs d'importants résultats. « À AAC à Lethbridge, une équipe dirigée par M. Tim McAllister (Ph.D.) travaille à établir un lien entre l'utilisation d'antibiotiques chez les bovins de boucherie et la résistance aux antimicrobiens chez l'humain — et n'a trouvé aucune preuve d'un lien jusqu'à maintenant. »

« Nous obtenons aussi des résultats prometteurs pour ce qui est des solutions de rechange aux antibiotiques dans la production alimentaire, indique M. Topp. Ici à AAC, par exemple, M. Moussa Diarra (Ph.D.) et son équipe montrent que des composés dérivés de canneberges et d'autres plantes pourraient remplacer des antibiotiques qui sont utilisés dans l'industrie avicole. »

Vitrine sur l'innovation canadienne

En plus d'appuyer la création de nouvelles stratégies de lutte contre la résistance aux antimicrobiens au Canada, le projet de l'IRDG contribue à renforcer la réputation mondiale du Canada en matière d'innovation.

M. Gerry Wright (Ph.D.), cofondateur de la base de données Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD), hébergée à l'Université McMaster à Hamilton, rapporte que le projet sur la résistance aux antimicrobiens de l'IRDG fournit un volume considérable de nouvelles informations à la base de données, laquelle sert de carrefour mondial d'information sur les gènes associés à cette résistance. « Les chercheurs de l'IRDG séquencent les génomes d'un grand nombre de bactéries présentes dans l'environnement, chez les animaux et chez l'humain, ce qui nous permet notamment de mieux comprendre la façon dont les gènes associés à la résistance aux antimicrobiens circulent, explique‑t‑il. Ils trouvent aussi des gènes de résistance qui n'ont pas encore été identifiés. Notre base de données est consultée quotidiennement par des chercheurs du monde entier, de sorte que le projet sur la résistance aux antimicrobiens de l'IRDG apporte une contribution importante à l'effort mondial de lutte contre cette résistance — et c'est important, car il s'agit vraiment d'un problème mondial. »

Le projet sur la résistance aux antimicrobiens de l'IRDG permet de rehausser le profil du Canada d'autres façons. En effet, les scientifiques qui travaillent à ce projet ont été invités à discuter de l'approche du Canada et à présenter leurs conclusions à un certain nombre de congrès internationaux sur la résistance aux antimicrobiens, ainsi qu'à des établissements allant de l'Organisation mondiale de la santé au conseil consultatif du président des États‑Unis sur la lutte contre les bactéries résistantes aux antibiotiques.